醫院污水來源及成分復雜，含病源性微生物，有毒，有害的物理化學污染物和放射污染等，具有空間污染急性傳染和潛伏傳染等特征，不經有效處理會成為一條疫情擴散的重要途徑和嚴重污染環境，醫院污水中含有酸堿懸浮物，BOD COD和到動植物油等有毒，有害物質，牙科治療，洗印和化驗室等過程產生污水含有重金屬，消毒劑 有機溶劑等，部分具有致癌，致畸或致突變性，危害人體健康并對環境有長遠影響。
醫院污水處理原則
1 全過程控制原則，對醫院污水產生，處理，排放的全過程進行控制。、
2 減量化原則，嚴格醫院內部衛生安全管理體系，在污水和污物發生源處進行嚴格控制分離，醫院內生活污水與病區污水分別收集，即源頭控制，清污分流，嚴禁將醫院的污水和污物隨意棄置排入是下水道。
3 就地處理原則
為防止醫院污水輸送過程中的污染與危害，在醫院必須就地處理。
4. 分類指導原則。根據醫院性質、規模、污水排放去向和地區差異對醫院污水處理進行分類指導。
5. 達標與風險控制相結合原則。全面考慮綜合性醫院和傳染病醫院污水達標排放的基本要求，同時加強風險控制意識，從工藝技術、工程建設和監督管理等方面提高應對突發性事件的能力。
6. 生態安全原則。有效去除污水中有毒有害物質，減少處理過程中消毒副產物產生和控制出水中過高余氯，保護生態環境安全。
工藝流程
醫療污水處理設備根據醫院污水的特點，一般采用較成熟的“厭氧水解+生物接觸氧化+消毒”的工藝。
厭氧水解和生物接觸氧化工藝的結合使用能使污水中的有機物得到較大限度的降解，二氧化氯消毒系統則讓污水的毒性大大降低到安全值以下。傳染病醫療機構和結核病醫療機構污水處理宜采用二級處理+消毒工藝（或深度處理+消毒工藝）；綜合醫療機構污水排放執行排標準時，醫療污水處理設備宜采用二級處理+消毒工藝（或深度處理+消毒工藝）。
